國際期刊報導腸道菌群的生態失衡，會造成體內免疫系統異常，導致人體的許多疾病的產生。腸道菌生長於腸道中，他們代謝或釋放的物質，會被腸道吸收，甚至可以直接入侵感染腸道，引起發炎反應，導致體內的免疫系統發生絮亂。國際期刊研究熱門的有肝-腸軸(gut–liver axis)、腸-腦軸(gut–brain axis)、腸皮軸線(gut-skin axis)等，腸道甚至被稱為第二大腦，這些相互作用多是腸道細菌代謝食物產生的化學物質，影響體內免疫發炎反應。